Major long-term threats to deep-sea fishes, as with all life on the planet, derive from trends of global climate change. Although deep-sea fishes are generally cold-water species, warming of the oceans itself may not be a direct threat. Many of the deep-sea fishes originated during the early Cretaceous when the deep sea was warm, and the Mediterranean Sea, which is warm down to a depth of over 5,000m, is populated by deep-sea fishes. On the other hand, substantial changes may be expected in ocean ecosystems over the next 100 years driven by an increase in dissolved carbon dioxide (CO2) and consequent ocean acidification resulting from burning of fossil fuels. Although the effects on deep-sea fishes are likely to be indirect through loss of coral habitats and changes in prey availability, larval stages of deep-sea fishes in the surface layers of the ocean may be directly affected by acidity.::지구상의 모든 생물체가 그렇듯이, 심해어류에 대한 장기간의 주요 위협은 지구 기후 변화의 추세에서 비롯된다. 심해어류가 일반적으로 냉수종이지만, 바다의 온난화 자체는 직접적인 위협이 아닐 수도 있다. 심해 어류 중 많은 수는 심해가 따뜻했던 백악기 초기에 나타났고, 5,000미터가 넘는 깊이까지 내려가도 따뜻한 지중해에는 심해어류가 다수 서식한다. 반면, 향후 100년 동안 해양 생태계에 상당한 변화가 예상될 수 있는데, 이는 화석 연료 연소로 발생한 용존 이산화 탄소(CO2)의 증가와 그 결과로 발생한 해양 산성화에 의해 일어난다. 산호초 서식지의 소실과 먹이 가용성의 변화를 통해서는 심해어류에 대한 영향이 간접적일 가능성이 높지만, 바다의 표층에 있는 유생 단계의 심해어류는 산도(酸度)에 직접 영향을 받을 수 있다.